当協会は、昭和49年に、沿岸漁場整備開発法(沿岸漁場の整備及び開発を図り、もって沿岸漁業の安定的な発展と水産物の供給の増大に寄与することが目的)が制定されて以来、 漁場整備事業(魚礁設置事業、増殖場整備事業)に携わり、長崎県の豊かな漁場づくりに努めてまいりました。漁場整備関係工事の円滑な推進と併せて、長崎県海域の漁場整備の研究・開発に努めております。
また、藻場回復や海の環境改善にかかる調査・研究などを行うことを目的に平成20年に設置した(NPO法人)「NAGASAKI SEA-PARA NET」と共同して、各種活動に取り組んでおります。